非编码RNA（ncRNA）在表观遗传调控中发挥多层次作用。长非编码RNA（lncRNA >200 nt）如XIST介导X染色体失活（招募PRC2沉默一条X染色体）、HOTAIR从HOXC位点反式沉默HOXD（招募PRC2和LSD1/CoREST）、MALAT1调控RNA剪接和基因表达。微小RNA（miRNA ~22 nt）由DROSHA/DGCR8和Dicer加工后与AGO蛋白形成RISC，通过种子序列（seed region 2-7 nt）互补结合靶mRNA 3'UTR导致翻译抑制或mRNA降解。环状RNA（circRNA）作为miRNA海绵或蛋白支架参与调控。
