微生物是指个体微小、通常需借助显微镜才能观察到的微小生物，广泛存在于水、土壤、空气乃至人体之中。最常见的类型包括细菌、病毒和真菌，此外还有原生动物（如引起疟疾的疟原虫）等；从更广义的微生物学分类来看，还涵盖古菌与藻类。微生物与人类健康、疾病、发酵工业及环境生态密切相关，既有致病的一面，也有对健康与生产不可或缺的一面。
