内源性凋亡通路（线粒体通路）由细胞应激信号（DNA损伤、生长因子缺乏等）激活，促凋亡蛋白BAX/BAK在线粒体外膜形成孔道导致MOMP（线粒体外膜通透化），释放细胞色素c与Apaf-1组装凋亡体激活Caspase-9，进而激活执行Caspase-3/7。Bcl-2家族蛋白（抗凋亡BCL-2/BCL-XL/MCL-1与促凋亡BIM/BID/BAD）的动态平衡决定凋亡阈值。
