氨基酸/蛋白质代谢涵盖蛋白质消化（胃蛋白酶/胰蛋白酶/糜蛋白酶）、氨基酸分解（转氨反应→α-酮酸+NH₃→尿素循环解毒）、氨基酸合成（必需/非必需）、蛋白质翻译后修饰（泛素化/磷酸化/糖基化/异戊二烯化）和蛋白质降解（蛋白酶体/溶酶体/Calpain）。蛋白酶按催化机制分为丝氨酸/半胱氨酸/天冬氨酸/金属蛋白酶和苏氨酸蛋白酶（蛋白酶体），在凝血/补体/ECM重塑和抗原加工中至关重要。
