代谢物是代谢过程中产生或消耗的小分子化合物，是代谢组学研究的对象。核心代谢物包括ATP/GTP（能量货币）、NAD⁺/NADPH（氧化还原辅酶）、SAM（甲基供体）、乙酰CoA（代谢枢纽连接糖/脂/氨基酸代谢）、α-酮戊二酸（TCA循环中间物和表观遗传辅因子）和琥珀酸（oncometabolite由SDH突变积累）。代谢物可作为信号分子（如2-HG由突变IDH产生抑制α-KG依赖的TET/KDM酶重编程表观遗传）或疾病生物标志物。
