代谢酶涵盖氧化还原酶（如细胞色素P450家族）、转移酶、水解酶和裂合酶等多类。蛋白酶按活性位点分为丝氨酸蛋白酶、半胱氨酸蛋白酶、天冬氨酸蛋白酶和金属蛋白酶四大类，在凝血级联、补体激活、细胞凋亡（Caspase）及基质重塑（MMP）中不可或缺。两者均为药物设计的重要靶标，如CYP3A4是药物代谢关键酶，HIV蛋白酶抑制剂等已广泛应用于临床。
